Vanliga husdjur transporteras alltid kopplade på däck, i en för transporten lämplig transportbur eller i ägarens fordon. Om det finns ett separat utrymme i fartyget för passagerare med husdjur, får man ta husdjur med på fartyget. Endast i exceptionella fall, och enligt kaptenens övervägande, kan djur tas med i passagerarutrymmen. Eskort måste alltid vara med när man utför djurtransporter.

Bestämmelserna gäller inte assistent- och räddningshundar.

Boskap transporteras i första hand i boskapsbilar. Om transport med boskapsbil inte är möjlig med ett förbindelsefartyg, ska en gummimatta eller motsvarande monteras för djuren på däck för transporten och djuren ska bindas fast på den. Om man kan konstatera att djurtransporten kommer att orsaka passagerarna eller besättningen oskälig olägenhet eller om man kan anta att transporten inte kan genomföras inom ramen för djurskyddslagen ska djurtransporten genomföras enbart i följeslagarens fordon.